L'ottavo Giubileo fu indetto il 28 marzo 1499 da papa Alessandro VI della famiglia dei Borgia, grazie alla bolla Inter multiplices. Ad Alessandro VI si deve il rito di aprire e chiudere il Giubileo con l'apertura e la chiusura della Porta Santa. Inoltre il Papa volle che POrte Sante delle quattro basiliche fossero aperte contemporaneamente, riservando a sè l'apertura della Porta Santa di San Pietro. Il liturgista e cerimoniere pontificio Giovanni Burcardo preparò un apposito cerimoniale; così la vigilia di Natale 1499, Alessandro VI personalmente colpiva con alcuni colpi di martello il muro della Porta Santa e poi, in ginocchio, ne varcava la soglia per primo il 13 aprile 1500. Lo stesso Papa guidò una processione penitenziale.

Il 29 giugno crollò il soffitto nei Palazzi Apostolici: Alessandro VI, ormai dato per morto, si salvò grazie ad una trave rimasta fissa nel muro.

In novembre il Tevere straripò e il Papa dispose immediati soccorsi. Altre inondazioni lo indussero a protrarre la chiusura delle Porte Sante fino all'Epifania del 1501, pur concedendo la possibilità di lucrare l'indulgenza fino alla Pentecoste.